Le mercredi, l'enivrement du succès, et aussi celui du vin, commencèrent à se dissiper .

Cependant, les gardes nationales de Ligny et de Chablis ainsi que la maréchaussée de Tonnerre, instruites de ces désordres arrivèrent en force au milieu de la troisième nuit ; les factieux épuisés par la débauche et par l'insomnie, étaient tous plongés dans le sommeil. Un officier de gendarmerie distribua les gardes nationaux autour de Maligny, et indiqua à chaque officier les maisons où ils devaient entrer de vive force. Un coup de fusil donna le signal de l'attaque.

Alors, ils pénétrèrent dans le bourg, enfoncèrent les portes des factieux, et se saisirent de leurs personnes, faisant réfléchir les plus intrépides, et la terreur calma les esprits. Mais Simon Tremblay, le principal artisan de la révolte, homme d'une force et d'une taille athlétiques, s'était armé de toutes pièces, résolu à vendre chèrement sa vie, si on cherchait à l'enlever. Comme il n'avait pas pris de repos depuis trois jours, il était couché et sans vêtements. Tout à coup, on enfonce sa porte et on court à son lit, il n 'eut que le temps de saisir un fusil, qu'on ne put jamais lui arracher des mains. Néanmoins, sa maison est remplie de gardes nationaux, on le garrotte et on l'emmène avec les autres.

Douze personnes furent arrêtées sans résistance dont six vignerons, cinq manouvriers et un laboureur. Le jeudi, quatre autres vignerons furent encore arrêtés. Le samedi, tous les papiers et les titres pillés étaient retrouvés.

Le procés commença et les avocats le firent traîner jusqu'en juillet 1791. Les lois changeaient tous les jours, et il était difficile aux juges de rendre leur sentence. Ils avaient requis contre seize accusés, des peines très graves, allant jusqu'aux galères avec marque de fer rouge sur l'épaule droite. Parmi les neuf principaux auteurs de la révolte, deux furent condamnés aux galères à perpétuité, trois à cinq ans, et quatre à trois ans.

Une nouvelle loi du 13 septembre 1791, exactement deux ans après la sédition, abolit toutes procédures relatives aux événements de la Révolution, et les accusés furent relachés.