La Guerre de Cent ans (1346 à 1453) a donné lieu à des combats continuels entre Maligny, qui tenait pour le roi de France et les Anglais , qui tenaient Ligny. Il est à supposer que la léproserie, située entre les deux pays, dut beaucoup souffrir de ces luttes.
On trouve trace, aux Archives nationales, d'un procès entre Denis Diverny, prêtre, chapelain de la chapelle et administrateur de la maladrerie et Jean de Ferrières, seigneur de Maligny en 1502.
En 1529, François de Ferrières, seigneur de Maligny, donna l'administration de cette maladrerie et ses revenus à son fils naturel, Robert. Robert ne jouit pas longtemps de ce poste, il y fut remplacé par maître Guillaume Paradin, lequel fut ensuite destitué par François de Ferrières qui chargea son fils, Jean de Ferrières de l'administration de la Maison Dieu et maladrerie de Maligny. Ainsi que de la chapelle de Champlay.
Après la mort de François de Ferrières, sa veuve Louise de Vendôme, tutrice de leurs enfants, accordait en 1542 l'administration de la maladrerie au frère Jehan Dougoys
