L'ancien presbytère avait été saisi par la commune et devait servir de logement pour l'instituteur. Estimé trop grand pour ce but, il fut mis en vente et racheté par le curé Viochot. A la mort de ce dernier, il fut acquis par la famille Rabé dans laquelle il est toujours resté depuis (maison Lafarge actuelle) .

Les années 1796, 1797 et 1798, furent caractérisées par de violents assauts dirigés contre le culte catholique. Le curé Viochot démissionna et se retira chez sa soeur à Autun. Une nouvelle religion, dite des " théophilanthropes ", s'implanta à Maligny et eut droit de sieger dans l'église de 7 h à 10 h du matin et de 5 h à 7 h du soir. Elle disparut vers 1800, quand le curé Viochot rentra à Maligny.

Au sujet de ce dernier, disons qu'il resta à Maligny jusqu'en 1822, après quoi, devenu aveugle, il se retira à Tonnerre où il mourut en 1825 âgé de 90 ans. Ce fut un homme éminent dont la vie avant, pendant et après la Révolution, fut intimement mélée à celle de Maligny et même à celle de toule la Région. Député du Clergé aux Etats généraux en 1789, il avait été député de I'Yonne en 1790, avait prété le serment civique relatif à la constitution civile du clergé en 1790 ; membe du Conseil général de I'Yonne en 1792, objet de fréquentes dénonciations au Comité de Surveillance, il put toujours se disculper honorablement. II fut l'un des organisateurs du culte de l'Etre suprême en 1794, mais en 1798, il refusa d'accepter le remplacement des dimanches par les fêtes décadaires qui touchaient aux dogmes fondamentaux catholiques. Condamne à la déportation pour ce fait, il s'enfuit mais ne fut pas recherché et put rentrer à Maligny en 1800.

Auger-Lamotte, de Villy, avait été nommé en janvier 1796, commissaire du Directoire exécutif près l'Administration municipale de Ligny. C'était un intrigant qui passa deux années à organiser des révoltes, même des batailles rangées, entre habitants de Maligny et même entre Ligny et Maligny. Il occupa le poste de Président de l'Administration municipale de Ligny du 22 au 31 octohre 1797. Destitué, il reprit ce poste le 25 mars 1798, fit occuper Ligny par la force armée, démissionna le 1er septembre 1798 mais fut en même temps révoqué. Il intervint encore et obtint le 31 août 1799, la suspension des membres de l'administration municipale de Maligny, puis leur révocation. Ce fut sa derniere action ; Bonaparte exigeait l'apaisement et le rôle néfaste d'Auger cessa.

De vieux habitants de Maligny se souvenaient encore du terrible incendie de 1733 qui détruisit presque entièrement le village, soit 110 maisons et où, faute d'eau, on a employé du vin pour combattre le feu. Cette fois-ci, en 1797, un autre incendie ravagea le quartier de Châtillon, et treize propriétaires ont eu leurs maisons et récoltes détruites.